Správny výber média je nevyhnutný pre správnu funkčnosť molekulárneho filtra. Rozsiahla ponuka širokého spektra a špecifická adsorpčná média sú vhodné pre väčšinu chemických látok alebo skupín chemických látok. Médiá sú zvyčajne založené na aktívnom uhli alebo aktivovanom hliníku, s alebo bez impregnácie.